建造物
神社 → 本殿・拝殿・仏教寺院にある鎮守社・霊廟
寺院－仏堂 → 金堂・本堂・阿弥陀堂・観音堂・釈迦堂・開山堂・御影堂・円堂・八角堂・六角堂
寺院－修行・生活 → 方丈・禅室・法堂・講堂・寺院客殿・書院・庫裏・食堂・経蔵・宝蔵・玄関・廻廊・廊下・鐘楼・鼓楼
寺院－塔 → 五重塔・五重小塔・三重塔・多宝塔ほか
寺院－門 → 山門・三門・唐門・二王門ほか
城郭 → 城天守
近世以前－その他 → 茶室・能舞台・教会ほか
近代 → 明治以降の建築
絵画
壁画 → ４件
仏画 → 曼荼羅６件、如来・菩薩18件、天部・明王14件、仏殿図ほか７件、高僧・羅漢８件
大和絵・絵巻 → 絵巻・草紙11件、縁起・絵伝11件、六道絵５件、経典５件、屏風２件
肖像画 → ９件
水墨画・中世絵画（日本） → 雪舟６件、他水墨画８件、
水墨画・南宋画・中世絵画（渡来画） → 仏画・禅画13件、花鳥・風景・人物17件
近世絵画 → 障壁画６件、屏風15件、他近世４件
彫刻
如来 → 乾漆３件、銅造９件、木造26件
菩薩 → 乾漆５件、銅造２件 塑造２件、木造33件
明王 → 木造３件
天部 → 乾漆５件、塑造３件、木造21件、板彫１件
その他仏教 → 乾漆４件、塑造２件、銅造１件、石仏１件、木造13件
神像 → 木造７件
その他彫刻 → 木造２件
刀剣
古代～平安中期 → ５件
山城伝 → 短刀７件、太刀９件、他３件
大和伝 → 短刀１件、太刀３件、他１件
相州伝 → 短刀12件、刀５件、太刀２件
備前伝 → 短刀２件、太刀37件、刀３件、他３件
九州エリア → 短刀３件、太刀３件、他１件
その他 → 短刀１件、太刀６件、他２件
刀装 → 12件
工芸品
陶磁器 → 日本（志野・色絵・楽）、中国朝鮮（曜変天目・青磁・井戸）
金工 → 梵鐘、仏教関連（仏具・舎利具など）、鏡、燈籠
漆工 → 経箱、袈裟箱、厨子、神輿、手箱、鞍、楽器、調度
染織 → 神服、袈裟、曼荼羅など
甲冑 → 絲威鎧（兜、大袖付）、胴丸、籠手
その他 → 神宝類、堂内装飾、ほか
書跡・典籍
手鑑 → 古写経や古筆を数行ずつ貼り交ぜたスクラップブック
仏教‐経典 → 法華経・般若経・賢愚経など「お経」
仏教‐撰述書・聖教類 → 経典の注釈書や教義の解釈書
和書‐歌集・漢詩 → 古今集や歌合など歌集、漢詩集
和書‐物語・記録 → 歴史書、物語、随筆、字典や医学書など
墨蹟 → 禅僧の書で、漢詩や書状がある
漢籍 → 中国の書物、日本写本・中国写本・中国刊本
古文書
宸翰 → 天皇や法王の直筆による文書
勅書 → 天皇の命とその名によって書かれた文書
書状 → 手紙や、他人に何かを通達する文書
日記 → 天皇や公家の日記、直筆と写本がある
資材帳・目録 → 寺院の財産類の一覧、海外からの請来品一覧など
寺院関係 → 東大寺・東寺など寺院の記録、僧侶の直筆や記録類など
その他 → 島津家・上杉家など武家の文書類、地域の記録文書など
国外の文書 → 趙子昂書、ポルトガル国印度副王信書
考古資料・歴史資料
縄文時代 → 土偶、火焔型土器
弥生時代 → 金印、銅鐸、遺跡出土品
古墳時代 → 埴輪、七支刀、鏡、古墳・遺跡出土品
奈良時代 → 埋葬品（墓誌、骨臓器）、寺院鎮壇具
平安時代 → 経塚出土品、銅板法華経
日本以外 → 石幢、銅盤、鏡
歴史資料 → 遣欧使節資料、伊能忠敬資料、琉球国王尚家資料