理源大師聖宝と上醍醐
空海の孫弟子にあたる平安時代初期の僧「聖宝（しょうぼう）」は、真言だけでなく法相や華厳など様々な教えを修め、役小角を慕い修験道の修行も行った。 道場を開く場所を探していた聖宝が笠取山に登ると、老翁の姿で現れた地主の横尾明神が、湧き出る清水を飲み「醍醐味なり」と言ったと伝わり、寺の名前にもなっている。 横尾明神からこの地を譲られた聖宝は、准胝観音と如意輪観音をまつる堂宇を建立し、これが醍醐寺の始まりである。 醍醐水は現在でも湧き出ており、醍醐寺の閼伽水（仏教の儀式などに使われる水）として使われている。
国宝『薬師堂』
薬師堂は、醍醐寺を開いた聖宝が、醍醐天皇の帰依を受けて薬師三尊をまつったことに始まり、現在の建物は保安２年（1121年）に再建されたもので、上醍醐では現存最古の建物である。 平成13年（2001年）の霊宝館リニューアルオープンに伴い、国宝『薬師如来・両脇侍像』は薬師堂から霊宝館に移された。 この時は1.8mもの大型の木像を、人の手によって下醍醐に下ろしている。
この国宝を観るには
上醍醐は、下醍醐の伽藍から片道１～１時間半ほど登ったところにあり、途中はほとんどが舗装されておらず、足元が悪い場所もある。 登ってしまえば、国宝『清滝宮拝殿』ほか、薬師堂・五大堂・如意輪堂など、それほど苦労なく巡ることができる。
入山料：￥600（下醍醐伽藍の拝観券があれば￥500）
入山時間：夏期は15時まで、冬期は14時までの入山で、17時までに下山することになっている
文化財指定データ
【台帳・管理ID】102-1902
出典：国指定文化財等データベース一部抜粋
【指定番号】00198
【種別】近世以前／寺院
【指定名称】醍醐寺薬師堂
【ふりがな】だいごじやくしどう
【員数】１棟
【時代・年】保安２年（1121年）
【構造・形式】桁行五間、梁間四間、一重、入母屋造、檜皮葺
【所在地】京都府京都市伏見区醍醐醍醐山
【重文指定日】1901.03.27
【国宝指定日】1959.06.27
【説明】薬師堂は醍醐寺山上伽藍の主要堂宇で、保安二年（一一二一）に再建されたのが現在の堂である。 簡素な意匠であるが、蟇股や組物など平安時代の特色をあらわす。 この時代の数少ない遺構の一として貴重なものである。
